Лекарства без странични ефекти няма и същото се отнася за антибиотиците. Злоупотребата с тях води не само до появата на супер бактерии, устойчивост към повечето други лекарство, но и до унищожаване на полезната микрофлора, както и да обриви.

Постоянното използване на големи дози антибиотици за лечение на детски инфекции може да доведе до напълняване-подобен ефект на лекарствата се използва в животновъдството за бързо натрупване на маса. Има доказателства и за това, че популацията на полезни бактерии се възстановява само частично. Предполага се, че антибиотиците са причина за  напълното изчезване на един от видовете бактерии-Helicobacter pylori.

В началото на 20-ти век тази бактерия се е развивала в червата на всички хора.

В началото на 21-ви век тя се среща само при 6% от хората по целия свят. Унищожаването на Helicobacter pylori води до промяна в обработката на грелина и лептина-хормони, отговарящи за обработката на слизестата обвивка на стомаха.

Тези промени могат да доведат до появата на повишена чувствителност към заболявания на червата. Според мнение на много специалисти употребата на антибиотици от деца и най-вече бременни трябва да бъде драстично намалена. Това ще позволи съхраняването на микрофлората, която се развива от майката в детето. Ситуацията могат да подобрят пробиотиците-препарати, възстановяващи полезните бактерии.